Eben dieses Video von Nerdist News gefunden - da sind ein paar Sachen drin, die Moffat sagt, die die ersten Folgen dieser Staffel etwas sinnvoller machen:
http://youtu.be/ZIdAEC9GF8MInsbesondere mit der Aussage, in "The God Complex" seien die Ponds zwar aus der Tardis ausgezogen, das sei aber doch kein Grund, die ehemaligen Mitbewohner aus den Augen zu verlieren, und so besucht der Doctor sie eben hin und wieder und nimmt sie auf ein Abenteuer mit, aber eben nicht dauernd.
Vor kurzem habe ich auch eine ganz berührende Theorie (und wirklich nur das!) gehört, nämlich, dass der Doctor schon weiß, wie das mit den Ponds endet, also das letzte Abenteuer mit ihnen schon erlebt hat, und jetzt noch nicht loslassen kann und deshalb in deren Vergangenheit reist und noch ein paar letzte Abenteuer mit ihnen erleben will.
Bei Moffats timey-wimey ist ja alles möglich.